宇宙世紀0093年，成為新吉翁總帥的夏亞·阿茲納布爾對依然被地球重力所束縛的人類靈魂感到絕望，決心以激烈的手段加以肅正。查知此事的地球聯邦軍王牌駕駛員阿姆羅·雷及其所屬的隆德·貝爾艦隊一起與夏亞所領導的新吉翁軍展開最後的決戰……